فلور میکروبی دستگاه گوارش مجموعه میکروارگانیزم‌هایی هستند که معمولاً در دستگاه گوارش زندگی می‌کنند و می‌توانند کارهای سودمندی را برای میزبان انجام دهند. میکروارگانیزم‌های تک‌یاخته‌ای، مانند باکتری‌ها (که مهم ترین هستند)، قارچ‌ها و پروتوزوآها، فلور میکروبی دستگاه گوارش مرغ‌ها را تشکیل می‌دهند.
از دیدگاه میکروبیولوژیست‌ها روده را می‌توان به سه بخش تقسیم کرد:

• دودنوم و روده کوچک، جاهایی که شمار باکتری‌ها نسبتاً اندک است، کلاً کمتر از g/10⁸

• سکوم یا روده کور، جایی که تخمیر میکروبی چشمگیری انجام می‌گیرد و شمار باکتری‌هایی که در آنجا هستند تقریباً g/10¹¹ (وزن نمونه خیس) است.

• روده بزرگ که در بیشتر پرندگان نسبتاً کوتاه می‌باشد، ادامه بخش پایانی روده کوچک است که از سکوم آغاز و درون کلواک باز می‌شود. ارگانیزم‌هایی که در روده بزرگ هستند هم از ارگانیزم‌های روده کوچک و هم ارگانیزم‌های روده کور می‌باشند.

بخش بزرگی از جمعیت باکتریایی دستگاه گوارش مرغ‌ها گرم مثبت می‌باشند و بیشتر آنها از چینه‌دان تا انتهای ایلیوم باکتری‌های بی‌هوازی اختیاری هستند در حالی که در سکوم، افزون بر این باکتری‌ها، باکتری‌های مطلقاً بی‌هوازی نیز به سر می‌برند که شمار آنها بر محیط سکوم چیره می‌باشد (1984 Fuller  و 2002 Cong و همکاران). در مرغ‌ها، جاهایی که باکتری‌ها بیش از جاهای دیگر در آنجا فعالیت دارند، چینه‌دان‌ها، سکوم و به مقدار کمتری، روده کوچک می‌باشند. pH، و زمان انتقال مواد در بخش‌های مختلف دستگاه گوارش مرغ‌ها، به شیوه گزینشی به جمعیت میکروبی خاصی اجازه می‌دهد که در آن بخش‌ها مستقر شوند.
میکروارگانیزم‌های فلور دستگاه گوارش، ممکن است در لومن دستگاه گوارش قرار بگیرند، درون لایه موکوسی بایستند، و یا به موکوس گوارشی بچسبند، آن‌جا که می‌توانند یک لایه سلولی بسیار مهم را ایجاد کنند (1984 Fuller). در هیچ جای دستگاه گوارش جوجه یکروزه به هنگام بیرون آمدن از تخم‌مرغ باکتری‌ای دیده نشده است، اما در سومین روز، شمار بالایی از استرپتوکوکی‌ها و کولیفرم‌های مدفوع از همه نقاط دستگاه گوارش جدا شده است (1980 Barnes و همکاران – 1984 Coloe  و همکاران).
جمعیت میکروبی روده کوچک، تقریباً در 2 هفته مستقر می‌شود. فلور باکتریایی مربوط به روده کور و روده با افزایش سن، دگرگونی و تنوع می‌یابند (2002 Kenarreborg و همکاران – 2003 Lue و همکاران)
جمعیت میکروبی روده کوچک در 40 روز نخست، به استرپتوکوکی‌ها و کولیفرم‌های مدفوعی منحصر می‌شود و پس از آن لاکتوباسیل‌ها چیره و مستقر می‌شوند (1984، Coloe و همکاران – 1965، Smith). برخلاف این، جمعیت میکروبی مربوط به روده کور در دوره دیرتری پس از روده کوچک پدید می‌آید (6 تا 7 هفته) (1984 Coloe و همکاران).

اثرهای جمعیت فلور میکروبی دستگاه گوارش

اثرهای گوارشی

مرغ‌های در شرایط طبیعی نشان داده اند که هنگامی‌که جیره با فیبر بالا دریافت می‌کنند، بیش از مرغ‌های بدون باکتری (Germ-Free) اسید آمینه تراوش می‌کنند و این، نشان‌‌دهنده سنتز بسیار بالاتر اسید آمینه‌ها به وسیله میکروب‌ها در دستگاه گوارش آنها است (Parsons 1983 و همکاران). بیشتر کربوهیدرات‌های غیرقابل هضم به وسیله فلور میکروبی در چینه دان تخمیر می‌شوند (1909 Mead) که نتیجه آن تولید اسیدهای چرب زنجیره کوتاه است (SCFAs) که انرژی بیشتری برای مرغ فراهم می‌کند که در غیر اینصورت فراهم نمی‌شد. این به معنای بهترشدن ضریب تبدیل خوراک است (2003 Gabriel و همکاران).
میکروارگانیزم‌های دستگاه گوارش با رهاسازی مواد مغذی که میزبان می‌تواند آن را در روده و سکوم جذب کند، اثر مثبتی بر جای می‌گذارند و نیز می‌تواند کربوهیدرات‌ها و اسید آمینه‌ها را منتقل کند. میکروب‌های دستگاه گوارش سبب د-کونژوگه شدن نمک‌های صفراوی شده که قابلیت هضم اسیدهای چرب اشباع شده مانند اسیدهای چرب پالمیتیک و استئاریک را کاهش می‌دهند، اما تأثیری روی اسیدهای چرب اشباع نشده مانند اولئیک و لینولئیک اسیدها ندارند (1976، Boyd &Edwards).
مرغ‌های در شرایط معمولی معمولاً رشد کمتری از مرغ‌های بدون میکروب (Germ-Free) نشان می‌دهند زیرا میکروارگانیزم‌های دستگاه گوارش آنها با میزبان بر سر مواد غذایی آماده در دستگاه گوارش به ویژه بر سر مواد غذایی که به وسیله میزبان به خوبی هضم نشده است رقابت دارند. به سبب تولید اسیدهای چرب زنجیره کوتاه (SCFAs)، میکروفلور در جذب مواد معدنی مانند سدیم در روده کور و روده بزرگ (2003 Braun) نقش دارد و نیز ویتامین‌های B،  K و E را سنتز می‌کند، اما گمان می‌رود که تنها اسیدفولیک برای میزبان قابل استفاده است (1980 Coates).

اثرهای تغذیه‌ای

اسیدهای چرب زنجیره کوتاه (SCFAs) پر شمار شدن سلول‌های بافت پوششی روده را سرعت می‌بخشد و وزن بافت‌های روده‌ای افزایش می‌یابد که سبب تغییرات مورفولوژی موکوسی می‌شود. در سکوم، حضور میکروارگانیزم‌ها، افزایش وزن نسبی و دیواره ضخیم‌تری پدید می‌آورد (1984، Furuse&Yokota). در مرغ‌های در شرایط معمولی، ویلی‌های دستگاه گوارش در ژوژنوم و ایلیوم نسبت به مرغ‌های (Germ-Free) بلندتر هستند (2003 Gabriel و همکاران). اسید چرب زنجیره کوتاه لومینال و سیستمیک، پرشمار شدن سلول‌های موکوس را از راه افزایش 2- GLP-2) Plasma Glucagon-Like Peptide) و Ilial Pro-glucogon mRNA  و ظهور ناقل گلوکز (GLUT2) و پروتئین سبب می‌شوند که همه اینها پیام‌هایی هستند که بالقوه، واسطه پرشمار شدن سلول‌های موکوس با القاء اسیدهای چرب زنجیره کوتاه می‌باشند.

سرکوبی باکتری‌های بیماری‌زا

برخی باکتری‌های سودمند خاص با تولید (متابولیت‌های) ضدمیکروبی برضد دیگر گونه‌های باکتریایی، Microenvironment ناسازگار برای آنها به وجود می‌آورند (حذف رقابتی). اصطلاح «حذف رقابتی» برای توضیح ناتوانی استقرار یک جمعیت میکروبی در روده به سبب حضور جمعیت میکروبی دیگری به کاربرده می‌شود. این اصطلاح نخستین بار در 1973 به عنوان شیوه‌ای برای پیشگیری از استقرار  میکروارگانیزم‌های بیماری زا در دستگاه گوارش پرندگان به کاربرده شد (1973 Nurmi & Ramtala)
در چینه‌دان، لاکتوباسیلی‌ها حجم زیادی از اسید لاکتیک که برای خودشان سودمند، اما برای کولیفرم‌ها و بیشتر باکتری‌های دیگر نابودکننده می‌باشد، تولید می‌کنند. Reuterin که به وسیله لاکتوباسیلوس reuteri (عکس زیر) تراوش می‌شود علیه سالمونلا، کولیفرم‌ها و کمپیلوباکترها کارآمد است (1997 Mulder و همکاران).
باکتری‌های سودمند در تغییر رسپتورهایی (گیرنده‌ها) که به وسیله باکتری‌های زیان‌بار و یا توکسین‌های آنها مورد استفاده قرار می‌گیرند تأثیر دارند، و به این وسیله مانع گسترش آنها در دستگاه گوارش می‌شوند.