هضم کارآمدانه خوراک، و تبدیل آن به مواد مغذی که در خوراک نهفته است، عامل اصلی تولید، و آسایش، برای مرغ‌های گوشتی و مرغ تخمگذار است.
جامعه میکروارگانیزم‌هایی که در دستگاه گوارش طیور به سر می‌برند را با عنوان‌های گوناگون تعریف کرده‌اند:

• باکتری‌های دوست (friendly bacteria)

• فلور دستگاه گوارش (gut flora)

• میکروبایوتا (microbiota)

• میکروبیوم دستگاه گوارش (gut microbiome)

این جامعه میکروبی را به هر عنوانی بخوانیم، یک جامعه متنوع از میکروارگانیزم‌های باکتریایی، ویروسی، پروتوزوایی، و قارچی است که بیشترین جمعیت آن را باکتری‌ها تشکیل می‌دهند.
با همه پیشرفت‌هایی که تکنولوژی‌های مدرن برای شناسایی DNA میکروب‌ها در اختیار ما قرار داده‌اند که می‌توانیم تصویر دقیق‌تری از باکتری‌های ساکن دستگاه گوارش به‌دست بیاوریم، اما هر روز، بیش از پیش پی می‌بریم که شمار بالایی از باکتری‌های دستگاه گوارش هنوز هم ناشناخته مانده و طبقه‌بندی نشده‌اند.
بنا به پژوهش‌های جدیدی که روی دستگاه گوارش طیور انجام شده‌اند، گمان می‌رود که باکتری‌های ساکن دستگاه گوارش مرغ 600 تا 800 گونه باشند.

در کجا مستقر هستند؟

شمار جمعیت میکروبی و تنوع آن در بخش‌های مختلف دستگاه گوارش مرغ‌ها، متفاوت است.
در بخش‌هایی از دستگاه گوارش که شرایط آنها برای میکروب‌ها کمتر مناسب است و گذر مواد از آنجا سریع‌تر است، شمار کمتری از باکتری‌ها به‌سر می‌برند.
هرچند که می‌توان اثری از حضور باکتری‌ها در دستگاه گوارش رو به رشد جنین مرغ به‌دست آورد، اما به‌طورکلی پذیرفته شده است که توسعه جمعیت میکروبی دستگاه گوارش مرغ بالغ، از هنگام هچ شدن جوجه آغاز می‌شود، و جوجه‌ها باکتری‌ها را از محیط هچری، از خوراک واز کسانی که پس از هچ با جوجه‌ها سر و کار دارند به‌دست می‌آورند.

• چینه‌دان در ۴۲ ساعت به اشغال باکتری‌ها درمی‌آید.

• یک روز پس از هچ، باکتری‌ها در ایلیوم، و سیکوم نیز مستقر می‌شوند.

• پس از سه روز شمار باکتری‌های روده کوچک و  روده بزرگ 10برابر می‌شوند.

نخستین باکتری‌هایی که به درون دستگاه گوارش راه می‌یابند از نوع «باکتری‌های پیشگام*» هستند. این باکتری‌ها به‌سرعت پرشمار می‌شوند و در محیط دستگاه گوارش استقرار می‌یابند.

*باکتری‌های پیشگام (pioneering bacteria) باکتری‌هایی هستند که پیش از دیگر باکتری‌ها، وارد دستگاه گوارش می‌شوند. Enterobacteriaceae ،Proteobacteria Furmicute از  باکتری‌های پیشگام هستند.

استقرار جمعیت میکروبی بسیار متنوع باکتری‌ها در دستگاه گوارش جوجه‌ها، به گونه‌ای

نادلخواه در اثر جمعیت میکروبی محیط هچری پیش می‌آید که به‌صورت منبع مهم جمعیت باکتریایی خواهد بود که سرانجام در دستگاه گوارش مرغ مستقر می‌شوند.

ترکیب باکتری‌های پیشگام، به سبب پیشرفت دستگاه گوارش، و کاهش سطح اکسیژن، دچار تغییرات پی‌درپی می‌شود.
3 تا 4 هفته طول می‌کشد تا جمعیت میکروبی دستگاه گوارش مرغ بالغ به اوج خود برسد، اما حتی در این دوره، استقرار جمعیت مناسب میکروبی، به شرطی پیش می‌آید که مرغ‌ها از شرایط مناسب غذا و آب باکیفیت برای رشد برخوردار باشند.